La desinfección del agua consiste en matar o eliminar los patógenos presentes en el suministro del agua y prevenir que crezcan de nuevo en los sistemas de distribución. La desinfección se usa para la prevención el crecimiento de organismos patógenos y proteger la salud publica; la elección del desinfectante depende de la calidad de agua individual y sistema de suministro del agua. Sin desinfección, el riesgo de enfermedades transmitidas por el agua aumenta.
Los dos métodos mas comunes de matar microorganismos en el agua es mediante la aplicación de: oxidación con químicos como dióxido de cloro u ozono, e irradiación con radiación UV.
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